监督御三家对EVA的评价如此之低的原因是什么？

因为不是自己的作品……

开玩笑的，宫崎骏喜欢能让人积极向上的动画，所以厌恶eva是再正常不过的事了。其实宫崎骏和庵野秀明更像是师徒，私交很不错，起风了就请庵野秀明为主角配音。

至于其余两位怎么说我不太清楚，可能是eva不合他们的口味吧。富野由悠季连自己的高达系列都能喷，何况是别人的作品。